Le stanze si trovavano all'ultimo piano della residenza costruita da S. Ignazio e da Codacio tra il 1543 e il 1544. Quella casa, mal costruita, resistette fino al 1598, quando una inondazione danneggiò le sue fondamenta.
Il Padre Generale Aquaviva, ottenne il patrocinio del Cardinale Odoardo Farnese, nipote del Cardenale Alessandro Farnese che aveva costruito la Chiesa del Gesù. Aquaviva e Farnese posero la prima pietra della Casa Professa nel 1599. L'architetto Giovanni de Rosis sj progettò il complesso a forma quadrato che i gesuiti usarono come quartir generale fino alla soppressione della Compagnia nel 1773, e, di nuovo, dalla sua ricostituzione (1814) fino al 1873.
Prima che Aquaviva iniziasse a costruire, decise di salvare le stanze dove S. Ignazio aveva trascorso gli ultimi 12 anni della sua vita, scrivendo le Costituzioni della Compagnia e una voluminosa corrispondenza, e dove era morto dopo lungue sofferenze nel 1556. Quella decisione implicò la costruzione di un complicato sistema di volte sotto le stanze già esistenti per sostenere il loro peso, quindi la costruzione del nuovo palazzo intorno ad esse, ad infine il loro congiungimento al tessuto del nuovo edificio. Quest'opera ha mantenuto le stanze praticamente intatte.
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